Powstaniu Muzeum II Wojny Światowej towarzyszyła idea utworzenia instytucji, która ukazywałaby drugą wojnę światową, łącząc perspektywę polską z doświadczeniami innych narodów europejskich. Muzeum zostało powołane 26.11.2008 r., a na siedzibę instytucji wybrano Gdańsk. Przyszła siedziba, zaprojektowana przez Studio Architektoniczne „Kwadrat”, powstanie przy ulicy Wałowej nad Motławą, blisko historycznego centrum miasta. Uroczyste otwarcie Muzeum II Wojny Światowej planowane jest na 2014 r.
Od początku istnienia Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku oprócz działalności ściśle muzealnej, polegającej na gromadzeniu i opracowywaniu eksponatów oraz pracy koncepcyjnej nad wystawą główną, prowadzi działalność naukową i edukacyjną. Muzeum wydaje publikacje naukowe, organizuje wykłady otwarte, konferencje oraz projekty edukacyjne. W 2009 r. przygotowało i otworzyło na Westerplatte stałą wystawę plenerową pt. „Westerplatte: Kurort – Bastion – Symbol”, która wraz z nowo wytyczoną ścieżką dydaktyczną wyczerpująco ukazuje przeszłość tego szczególnego dla polskiej pamięci historycznej miejsca.